在这样的“学科思维”下，各个学科往往会采取两种做法：一是“做拼盘”，尽可能将所有能够归入本学科的资源和成果纳入学科麾下，形成一个强势学科。二是“划界限”，就是明确本学科与其他学科的界限，确保资源能够最大限度为我所用，尤其在人才培养和科研成果的统计方面。
这就与大学发展面临的另一个重大课题——学科交叉产生了一些“矛盾”。学科建设强调学科的重要性，学科交叉则意味着要弱化学科的重要性。从实践看，不少大学往往重前者而轻后者。
事实上，大学通常还有一种很实用的做法，即推进交叉学科。所谓交叉学科，就是建立在学科交叉基础上的新学科。以交叉学科为目标，既符合政策的方向，也不冲击原有的学科安排。
设立交叉学科门类旨在推动学科交叉，出发点无疑是正确的。然而，如果推动学科交叉的手段是以传统的“学科思维”为基础，新建的交叉学科便容易落入传统学科的窠臼之中，失去交叉学科应有的意义。
与此同时，学科交叉本来是动态过程，如果把一个交叉学科纳入一个相对固化的学科框架中，它就必然变得与其他学科一样，摆脱不了所具有的局限性，会产生学科壁垒，从而失去进行学科交叉最初的动力。
在现实的科学发展过程中，学科交叉的方式和类型是无限的，我们需要做的是为其创造机会，提供自由交叉的空间，而不是用学科去固化交叉形式。用学科之“瓶”装交叉学科之“酒”，这种做法也许可以解燃眉之急，但从更长远角度而言，可能跟不上学科交叉的发展步伐。
学科交叉作为一种现代科学发展的趋势，其动力来自知识本身，更来自人类所面临的种种问题和现象。这种动态的发展趋势，必然会对静态的学科制度产生冲击。想要真正推进学科交叉的科学研究和人才培养，就必须反思我们的学科制度，进行必要的修正。
对此，我们不妨从制度上探索一套淡化学科意识、柔化学科边界的新机制，以顺应学科交叉发展的大方向，从而更好培养能够适应这一发展趋势的专业人才。